Begrebet allergener bruges ofte til at beskrive tre forskellige ting:

1. De allergene materialer, som er det patienten bliver udsat for.
2. Den immunologiske term allergen, som indenfor vores sygdomsområde, betyder et antigen, som binder IgE.
3. Allergen-ekstrakter, som er industrielt fremstillede blandinger af allergener eller molekyler af de enkelte allergener fremstillet i helt ren form.

Dyr og planter fra samme species indeholder de samme allergener, mens andre species, som for eksempel hund sammenlignet med kat, vil udskille helt andre allergener og derfor give anledning til andre allergier.
Ser vi derimod på forskellige hunderacer, vil de alle afsondre de samme allergener, selvom der kan være forskel på hvor meget de kvantitativt afgiver.
Da allergene kilder er forskellig fra art til art såkaldt species, bruger man den latinske betegnelse for genus og species til at navngive allergenerne.
Et allergen fra birk, eller birkepollen, vil således få navnet efter den latinske betegnelse for birketræet, som er Betula verrucosa , forkortet til de tre første bogstaver i genus og et enkelt bogstav i species altså  Bet v.
De enkelte allergener, får så et nummer, ofte i den rækkefølge de er identificeret som allergener, for eksempel Bet v 1, som er det helt dominerede allergene molekyle i birkepollen.
Den enkelte allergipatient kan reagere med et eller flere allergener fra et allergent materiale, og derfor er det også vigtigt at de ekstrakter, som vi bruger til diagnostik og behandling indeholder så mange som muligt af de allergener, som er relevante for et givent allergent materiale.
Mangler der nogle komponenter, risikerer vi at testene bliver falsk negative, og at vi overser en allergi hos patienten.
Der er til dato identificeret ca. 2500 forskellige allergen-molekyler fra hundredevis af allergene materialer. Selvom det lyder af meget, så er det faktisk en meget lille del af alle de proteiner, som forekommer i naturen, og ydermere grupperer de sig i ret få biokemiske familier.
Det tyder således på, at proteiner med specielle biokemiske karakteristika har en særlig tendens til at optræde som allergener.
Hvis et allergen fra for eksempel forskellige træpollen tilhører den samme biokemiske familie, så er der også en stor sandsynlighed for at de ligner hinanden så meget at de menneskelige IgE-antistoffer vil genkende allergener fra både det ene og det andet pollen.
Det er baggrunden for at birkepollen-allergikere ofte har symptomer i det meget tidlige forår, idet pollen fra el og hassel forekommer her, og disse pollen indeholder proteiner, som har meget stor lighed med allergenet i birkepollen.
I takt med at vores viden er steget om de enkelte allergener og deres biokemiske slægtskab med proteiner fra beslægtede organismer, er vi blevet i stand til at forklare den molekylære baggrund fra de mønstre af krydsreaktivitet, som klinikerne har kendt til i mange år.
Udover eksemplerne med træpollen, kan man nævne at alle græspollen krydsreagerer med hinanden. Fra fødevareallergologien, kan man nævne krydsreaktiviteten mellem mælkeproteiner fra forskellige pattedyr -
i parentes bemærket - som ikke er mennesker, ægge-proteiner fra forskellige fugle, og muskelproteiner fra fisk og skaldyr, som krydsreagerer inden for henholdsvis fisk og skaldyr, men ikke med hinanden.